Constituées au cours du 19^e siècle, les collections d’objets étaient liées au Musée historique. En 1885, le musée s’est installé définitivement dans le bâtiment actuel. Dès lors, il a développé ses activités par la présence de conservateurs spécialisés et a enrichi ses collections principalement grâce à la générosité des familles neuchâteloises et à divers achats conséquents. 

En 1987, le Musée historique devenu département historique a concentré son activité sur l’iconographie neuchâteloise et les portraits notamment. L’ensemble des collections d’objets a été confié au département des arts appliqués, nouvellement constitué. Les politiques d’acquisitions et d’expositions à caractères thématiques se sont alors précisées.

Aujourd’hui, le département expose régulièrement, soit par des expositions temporaires, à caractère contemporain également, ou semi-permanentes en collaboration avec d’autres départements du musée d’art et d’histoire. Il acquiert par dons, achats, legs ou dépôts dans le but de maintenir des collections cohérentes. Des publications, souvent liées aux expositions, et de nombreuses manifestations, comme des concerts par exemple, mettent en valeur ces témoins de la vie neuchâteloise ancienne ou contemporaine.