Les projets scientifiques du département des arts appliqués visent trois domaines : la conservation, la recherche et les expositions. Le département entretient des contacts avec nombre de spécialistes de ses différents domaines d'activité. Une attention particulière est en outre portée à la formation des futurs professionnels ; de nombreux liens ont ainsi été tissés au cours des années avec la Haute Ecole Arc Conservation - restauration de La Chaux-de-Fonds ainsi qu'avec l'Institut d'histoire de l'art et de muséologie de l'Université de Neuchâtel.

Projets en cours
Suite aux travaux préparatoires qui ont été réalisés par Mme Virginie Buchs, étudiante en conservation - restauration à La Chaux-de-Fonds, la collection des drapeaux sera photographiée, conditionnée et réorganisée en vue d'une éventuelle restauration.

La collection du mobilier, et plus particulièrement le mobilier neuchâtelois qui a été peu étudié jusqu'à aujourd’hui, fait l'objet de recherches en vue d'une publication. Mme Lisa Laurenti, suite à son mémoire, en a réalisé les travaux préparatoires, qui se sont d'ores et déjà concrétisés par l'exposition Propos de tables.

Une grande exposition autour des horlogers Jaquet-Droz, créateurs des Automates, est en préparation. Elle sera proposée au public dans le courant de l'année 2012. Ce regard neuf sur les célèbres horlogers et leur génie portera également sur la création technique contemporaine. Une grande publication scientifique, préparée en collaboration avec l'Université de Neuchâtel par le biais du professeur Pierre Alain Mariaux et visant à revisiter le phénomène Jaquet-Droz sera éditée pour l'occasion.

Tout au long de l'année, le département des arts appliqués accueille des stagiaires de la Haute Ecole de Conservation / Restauration de La Chaux-de-Fonds, ainsi que des étudiants en master de muséologie de l'Université de Neuchâtel.

2007
Les quelques deux cent cinquante armes blanches et à feu de la Collection Strubin ont été installées dans les nouveaux lieux de stockages par deux étudiantes de la Haute Ecole de Conservation / Restauration de La Chaux-de-Fonds, Mmes Virginie Buchs et Laura Andrey. Des emplacements spécifiques ont été prévus pour chaque pièce, et un système d'attaches spécifique a été développé.

Mme Francine Vuillème a réalisé un mémoire de licence sur un objet intriguant de la collection, une chope en argent incrustée de pièces et de médailles, fabriquée à Berlin à la fin du 19^e siècle (Souvenir de reconnaissance et d'affection de Carl et Eugénie Russ-Suchard. Etude d'un Münzhumpen serti de monnaies et médailles suisses fabriqué à Berlin par la maison Sy & Wagner, direction Pierre Alain Mariaux et Caroline Junier, Université de Neuchâtel).

Mme Lisa Laurenti a défendu un mémoire de licence sur la production du mobilier neuchâtelois  au cours du dix-neuvième siècle, sur la base des collections du musée largement élargies à d'autres publiques et privées (Le mobilier neuchâtelois au 19^e siècle, direction Pierre Alain Mariaux et Caroline Junier, Université de Neuchâtel).

2005
Mme Lydie Schmutz, étudiante en master de muséologie, a mené à bien la tâche d'inventorier le dépôt de la collection François Verdier.

Mme Elodie Waelti, étudiante à l'Université de Neuchâtel, a inventorié et installé la collection de chaussures.