Comme pour les acquisitions, la politique d'exposition propose des créateurs de la région, aussi bien que des artistes venus d'ailleurs afin de les confronter. Mais toujours dans l'idée que chaque exposition laisse des traces significatives dans la collection. A titre d'exemple, celle du peintre neuchâtelois Gustave Jeanneret, en 1998, accompagnée d'une publication scientifique, a généré plusieurs acquisitions importantes. Il en est allé de même pour l'artiste suisse Gianfredo Camesi, présent dans une très grande rétrospective organisée dans nos murs en 1994 ou encore Hanns Schimansky, en 2000, pour ne citer que ces deux exemples parmi beaucoup d'autres.

Semi-permanentes ou temporaires, ces expositions sont nombreuses et importantes depuis le début des années 90 du siècle passé, à commencer par « Le musée en devenir », accrochage annuel d'un choix des acquisitions de l'année précédente de tous les départements. Pour toutes les autres, nous donnons ci-après la liste de ces « Expositions - Aspects de la collection », façon d'insister sur la fonction première d'un musée : la construction d'une collection :

1992 Oeuvres et chefs-d'oeuvre
1993 Evocation de l'Italie
1994 Enfance - Enfants (avec les autres départements)
1995-2000 Nouvelle présentation permanente de la collection des arts plastiques (sections : « Nature vivante - nature morte », « La civilisation - pour le meilleur et le pire », « Le sacré », « Romantisme et réalisme - un dialogue », « Théophile Robert - un portrait »)
2001 Pour le plaisir de l'oeil
2001 L'illusion mise à nu par ses conservateurs, même (dans l'exposition « La grande illusion »)
2002 Au gré de l'eau - le pays des trois lacs
2003 Big is beautiful
2003 La Donation Jeunet
2004 D'un genre à l'autre
2004 Le legs Amez-Droz vu par Jean-Marie Dunoyer
2005 Peinture, peinture ! (Aspects Donation Jeunet)
2006 A la recherche du temps
2006 La nature dans tous ses états (avec les autres départements)
2009 Plus c'est grand, plus c'est beau ? (Confrontation des grands formats du 19^e siècle à ceux de la fin du 20^e/début du 21^e siècle)
2009 La Donation Jeunet - Les acquisitions 2003-2009