Profondément convaincus de la nécessité de collaborer de manière suivie avec la discipline qui est la nôtre à l'Université du lieu, nous avons mis en pratique cette conviction depuis de longues années. Le grand projet de l'exposition et de la monographie consacrées à Clement Heaton en 1996 vit la collaboration avec Pascal Ruedin, assistant de l'Institut à l'époque, et de plusieurs étudiants. L'exposition consacrée à Gustave Jeanneret en 1998 vit le professeur Pascal Griener agir au comité d'organisation de cette vaste entreprise, alors que Pascal Ruedin rédigea la monographie scientifique. Depuis, nous avons régulé notre collaboration avec une convention de stages de formation, signée par les professeurs de l'Institut et les quatre conservateurs du Musée en 2004.

Plusieurs expositions du département des arts plastiques sont le résultat de cette nouvelle forme de collaboration :

Stage de Séverine Cattin pour développer le concept et la mise en espace de l'exposition « Le Legs Amez-Droz vu par Jean-Marie Dunoyer » (Depuis, Séverine Cattin a entrepris le « Legs Amez-Droz » comme sujet de son mémoire de licence, mémoire soutenu avec succès en 2008).

Stage de Duc Hanh Luong pour développer le concept et la mise en espace de l'exposition « Peinture, peinture ! - Aspects de la collection Jeunet ».

Stage de Cristina Robu, Pamela Corvalan et Julia Wirth-Krauze pour développer le concept et la mise en espace de l'exposition « A la recherche du temps - 60 tableaux majeurs et dessins préparatoires de la collection des arts plastiques 1500 - 1900 ».

Depuis 2005, nous avons commencé un nouveau type de collaboration sous le titre « Publicoll ». Il s'agit d'un vaste programme de publication de notre collection.