La conservation est une des missions premières d'un musée. Elle vise à transmettre à la jouissance des générations futures les collections dans le meilleur état possible. Au cours de ces dernières années, le département historique a conduit plusieurs actions, en étroite collaboration avec l'Atelier de conservation et restauration du musée.

En 2003, il a investi de nouveaux locaux : les Galeries de l'histoire. Ce déménagement s'est accompagné d'une série d'interventions pour améliorer la conservation des pièces : acquisition d'un nouveau matériel de stockage et de rangement, mesures de protection contre la lumière, contrôle de la température et de l'humidité, etc.

Récemment, le soutien de Memoriav a permis de conduire une action de grande envergure en matière de restauration, de conservation et de numérisation du fonds photographique Suchard-Tobler.

2007 a vu le réaménagement du dépôt des tableaux du département historique, sis dans les sous-sols du Musée d'art et d'histoire.