Au cours de ces dernières années, le département historique a réalisé plusieurs expositions en partenariat avec des institutions scientifiques et culturelles. Mentionnons :

2004 : En voiture ! L'arrivée du train en terre neuchâteloise, une exposition conduite en partenariat avec l'Institut d'histoire de l'Université de Neuchâtel. Une publication, éditée par Alphil, accompagnait l'exposition.

2006 : Rodolphe, comte de Neuchâtel et poète. Cette exposition reposait sur la collaboration de spécialistes des Archives de l'Etat de Neuchâtel, de l'Institut d'allemand et de l'Institut d'histoire de l'Université de Neuchâtel, de l'Office de la protection des monuments et des sites du canton de Neuchâtel. Elle était accompagnée d'une publication éditée par Alphil.2009 Le monde selon Suchard. Le projet repose sur la collaboration de spécialistes de l'Institut de géographie, de l'Institut d'histoire, de l'Institut d'Histoire de l'art et de Muséologie de l'Université de Neuchâtel, de Memoriav (Association pour la sauvegarde de la mémoire audiovisuelle suisse), de l'Institut suisse pour la conservation de la photographie, et département audiovisuel de la Bibliothèque de la Ville de La Chaux-de-Fonds (DAV).