Le département historique gère depuis 1996 l'importante collection du fonds Suchard-Tobler. Le fonds couvre la période allant de 1826, date à laquelle Philippe Suchard lance son commerce de chocolat à Serrières, au début des années 1990, moment qui correspond à la fermeture du site neuchâtelois.

La collection est composée de 35'000 images et objets : photographies - vitrines de magasins en Suisse et dans le monde, véhicules publicitaires, bâtiments, ateliers, ouvriers et ouvrières, dirigeants, sorties du personnel, visites d'hôtes prestigieux et portraits de la famille Suchard -, affiches illustrées, boîtes et emballages, moules, maquettes de bâtiments, instruments de production, produits dérivés, objets personnels de la famille Suchard. Les produits phares Milka, Sugus, Suchard-Express et Toblerone sont bien représentés.